軍とオートボットの秘密協力計画は中止の危機に瀕していた。復活したメガトロンとスタースクリームはディセプティコン軍を率いて、地球に新たな血の嵐を起こそうと、エネルギー源の強奪を企てる。この頃、主人公のサム（シャイア・ラブーフ）はガールフレンドのミカエラ（ミーガン・フォックス）に別れを告げ、夢の大学生活を始めようとしていたが、すべてがそれほど順調に進んでいないようだった。サムに何らかの啓示を与えることになる。ルービックキューブの情報を得るために、ディセプティコンはサムを追跡し始めましたが、サムは自分の命を犠牲にしてサムを守り、再び任務を遂行することを決意しました。ルームメイトのレオ（ラモン・ロドリゲス）と「ロボット戦士」シモンズ（ジョン・タトゥーロ）の助けを借りて、サムとガールフレンドのミカエラはサムにルービックキューブのピースを与えた。そこで彼らはエジプトにエネルギー源を発見した。ピラミッド。この時、ディセプティコン軍もエジプトに到着した。この時、シモンズの要請により、少数の軍人チームもオプティマス・プライムの遺体をエジプトに運び、善と悪の勢力はその黄金の砂漠で絶望的な闘争を開始した。