ある晴れた日、江戸川コナン（声：高山みなみ）、真織小五郎（声：小山力也）、シャオラン（声：山崎風菜）ら少年探偵団は、イージス艦に乗って京都にやって来た。自衛隊の一員として、海に出て戦う気分を味わおう。その中で、美しくも不思議な女性自衛官・藤井七海（CV：柴幸）とも出会う。思いがけず、幸せな雰囲気はすぐにパニックに変わりました。戦艦で突然腕の骨折が発見され、自衛隊員が行方不明になったことで軍内はパニックと憶測を引き起こしました。某国の謎のスパイXが密かにイージス艦に乗り込み、戦艦の極秘情報を盗む機会を窺っていたことが判明した。コナンは隠された敵を捜すため、灰原哀（声：林原恵美）、阿笠博士（声：緒形賢一）、服部平次（声：堀川りょう）、遠山和葉（声：宮村優子）らと協力し、出撃した。スパイたちとの知恵と勇気の一連の戦い...