月の最高層の刑務所で、凶暴なベルグロドニアンのボリス（ジェメイン・クレメント）が脱獄する。彼は1969年に邪悪な犯罪を犯し、若いK（ジョシュ・ブローリン）が腕を切り落とした後、最終的に刑務所に送られました。今回の逃亡の目的は、時空を越えてKを殺すことだった。同時に、J (ウィル・スミス) と K (トミー・リー・ジョーンズ) は、さまざまなエイリアンによって引き起こされる混乱に対処し続けています。ある朝、J は K が失踪し、周囲に K のことを知る人がほとんどいないことに気づきました。この時、Kは40年前にボリスに殺されており、彼が築き上げたAネットワークはもう存在していない。この重大な瞬間に、ベルグロディアンが大挙して地球に侵入しました。祖国を守るため、Jは時空を超えて再び歴史を変えることになる…。