約40年前、人類は火星で先史文明「アルドノア」の技術を発見した。火星の植民地化の過程と技術独占の主張により、火星の開拓者と地球との間の摩擦はますます拡大しました。 2014年、休戦状態にあった地球と火星の間では和平交渉が進められていた。火星「ヴァイス帝国」の王女エセラム（声：雨宮天）は、親善大使として地球を訪れ、事態の打開に尽力する。しかし、日本の新あわら市で彼女のパレード車両がテロリストのミサイル攻撃を受けた。火星帝国はこれを地球への宣戦布告とみなして直ちに地球各国に攻撃を開始し、再び両星間戦争が勃発した。戦闘スキルと人型戦闘兵器の訓練を受けた地球の高校生、界塚イナホ（声：花江夏樹）は、友人たちとともにメカ騎兵の戦いに参加します。一方、皇女の従者であるスレイン（声：小野賢章）も戦争に巻き込まれ、皇女救出に奔走する。