高華大学での突然変異の経験は常に繰り返され、科学者のブルース・バナー（エドワード・ノートン）は、そんな悪夢の中、ブラジルで体内のガンマ線による異常の制御に取り組んでいた。ニューヨークのラン氏と解決策を見つけるために。ある日、ソーダ製造工場で働いていたとき、彼は誤って指を切り、米国に売られたソーダのボトルに血が滴り落ちた。米軍は彼を追い詰めるための能力を使い果たし、勝利を熱望するイギリスのサンダーボルト将軍エミール・ブロンスキー（ティム・ロス）も採用した。追い詰められたブルースはハルクに変身し、エミリーや他の兵士たちを驚かせた。ブルースを自らの手で捕らえるために、エミリーは遺伝子を変異させる可能性のあるサンプルに自分自身を注射することを提案した。ブルースはアメリカに潜伏中に昔の恋人ベティ・ロス（リヴ・タイラー）と出会い、ベティはためらうことなくブルースに寄り添い、同時に彼女が彼の体の中でハルクを安定させる力を持っていることを発見した。そこでのエミリーは、彼の挑発と、ブルースの能力を残酷な行為として利用しようとする米軍の決意によって、戦争は不可避となった。