テロリストが教会でウイルスを拡散させ、ロシア東部の都市が完全に消滅した。同じ不運が日本にもやって来ようとしていた。日本の警察は準備を整え、18歳の天才ハッカー、高木藤丸（三浦春馬）を協力者として招待した。藤丸の父親も警察官で、当初は事件を担当していたが、後に殺人事件に関与したとして指名手配された。テロ組織の折原マヤ（吉瀬美智子）が生物教師として藤丸の高校に入学し、藤丸を監視していた。妹のシャオヤオの命を守るため、藤丸は発電所管理者のパスワードを盗み、シャオヤオに渡すというテロ組織の要求に応じざるを得なくなった。デパートでは致死性のBloody-Xウイルスがピエロによってばらまかれた疑いがあり、警視庁は東京の街を救うために総力を結集し、そこにいた全員をほぼ殺害した。幸いなことに、藤丸はウイルスが偽物であり、誤報であることをすぐに発見しました。しかし、誰もが一時的にリラックスしたとき、テロ組織はすでに本格的な最初の一歩を踏み出し始めていました。ブラッディマンデイはすべての死者が最後に語る言葉であり、最大の秘密であり陰謀でもある。