GPSと芹沢軍団との激闘を経て、鈴蘭高校はつかの間の平穏を迎えた。山田孝之演じる芹沢多摩雄が組長の座を譲り、滝谷源治（小栗旬演じる）が恐怖の林田恵（深水元基演じる）を攻撃し続ける。あっという間に8か月が経ち、鈴蘭と宿敵・鳳仙学園との騒動が再開。 2年前、川西仁（演：阿部進之介）率いる鈴蘭軍団は、水戸牧生率いる鳳仙学園と戦った。川西容疑者は乱闘の最中に牧尾さんを刺し殺し、その後、牧尾さんは少年院に送られた。これ以上の死傷者の増加を防ぐため、鈴蘭と鳳仙は休戦協定を結んだ。 2年後、チュアンシーは刑務所から釈放され、奉賢学院から追われることになった。芹沢が介入し、滝谷の介入により両者の休戦協定は破棄された。マキオの遺志を継いだ鳴海大河（金子奈々）と美都竜也（三浦春馬）は、これを機に宿敵・鈴蘭高校を徹底的に潰すことを決意するが……。