シーズン5の終わりに、ジャック（キーファー・サザーランド）は予期せぬ秘密裏に中国に逮捕され、20か月間拘留された。ジャックは何も言わずに非人道的な拷問に耐えた。現時点では、米国は爆弾テロの脅威にさらされており、イスラム武装勢力によって実行された可能性があるという証拠が示されていました。 CTUの捜査により、この一連のテロ事件の黒幕はイスラム教テロリストのアサドであることが判明した。アサド暗殺計画を成功させるため、米国は中国と交渉し、投獄されているジャック・バウアーと交換した。ジャックを囮にしてアサドをおびき出す計画。しかし、アサドの出現につながった一連の活動の中で、ジャックはテロ攻撃の背後に別の人物がいることを発見した。来るべきテロを鎮めるため、ジャックは再び前に出て、一人でテロリストと戦う…。