神秘的なペルーには、非常に高いIQと言語能力を持つ非常に珍しい種類のジャムベアが住んでいます。当時、ジャムベアのカップル、パストゥーゾとルーシーはロンドンから来た探検家と深い友情を築き、ジャムを抑制する技術を学んでいました。今日、災害がマーマレード・ベアの平穏で幸せな生活を破壊しました。ルーシーおばさんは、いたずらな甥をロンドン行きのクルーズ船に乗せ、友好的な国で新しい生活を始めるように命じました。何千マイルも離れたところをさまよっていたリトルベアは、何も知らずにパディントン駅に到着しましたが、現代人の無関心に二重に失望しました。幸いなことに、この小さなクマはブラウン一家に会い、パディントン（ベン・ウィショーの声）という素敵な名前を付けられました。親切なホステスのメアリー (サリー・ホーキンス) はパディントンの住む場所を見つけるのを熱心に手伝い、男性のホストのヘンリー (ヒュー・ボネヴィル) はこの突然のトラブルを解決しようと常に努めています。その過程で、いつもひょうきんなパディントンとブラウン一家の関係は徐々に調和していく一方、自然史博物館の剥製師ミリセント（ニコール・キッドマン）が密かに邪悪な目的でパディントンに迫っていた……。