シリーズ第 3 部の最終エピソードでは、Netflix への扉が開き、金のマークが地球を切り裂きます。 21世紀初頭、ゴジラに地球を奪われた人類は他の星系への植民地化のために一部の人類を送り込んだが、この計画は失敗に終わった。失意のうちに地球に帰還した人類は、二万年後、激変した地球を目の当たりにする。すべての動植物にゴジラ細胞が存在し、地球は「怪獣惑星」と化す。高さ300メートルを超える史上最大のゴジラ「ゴジラアース」が登場。ゴジラを倒すことに執念を燃やす主人公ハルオは、人類の末裔フツアと出会う。フツアの双子の姉妹マイナとミアナの指導のもと、ハルオたちは増殖を続けるゴジラを倒すための兵器、メカゴジラの残骸を発見した。彼らは残骸を構成するナノメタルを利用して武装要塞都市「メカゴジラシティ」を起動させ、「ゴジラアース」に挑む。この戦いの過程で、かつて共存していた異種族の一つであるビアシャードと人類との亀裂が徐々に表面化していく。 「ゴジラを倒すには、“人間”を超えた存在にならなければならない」というビルザードのリーダー・ガーグの信念とは裏腹に、ハルオは「怪獣を倒すためには、自分自身を“人間”にしてはいけない」と諦めきれない。それを「人間」として乗り越えるという信念。最後に、ハルオは「ゴジラ・アース」を倒す唯一のチャンスを放棄し、ガーグを殺害した。一方、ハルオの幼なじみの恋人・優子も、ビル・チャーダーによる人体強制ナノメタル化により脳死状態に陥った。人類の間に広がる敗北感と虚無感。一方の異星人、宗教種族エクシフの大司教メトフィスは、ハルオが戦いから生き残ったことを「奇跡」だと主張し、それを利用して信者を増やす。それはエクシファーが秘めた「究極の目的」を達成するため。ミアナとマイナはこうしてエクシファーを警戒していた。また、春夫は「人間」として何をすべきかを自らに問いかけた。やがて、誰も倒せない「ゴジラアース」の地球に、黄金の光をまとった「ギドラ」が降臨し、衝撃の超次元決戦が始まる。 「ゴジラ」とは何ですか？ 「人」はどうすればいいのか？ハルオの目に映る未来は再び——。最終章ではすべてが明らかになります。