モルダー（デヴィッド・ドゥカヴニー）はエイリアンの反乱軍に誘拐され、スカリー（ジリアン・アンダーソン）も妊娠していることが判明した。モルダーのオフィスが家宅捜索され、スカリーはスキナー（ミッチ・ピレッジ）にパートナー探しの協力を依頼し、ローン・ガンマンも参加した。 FBIの上層部は捜査を支援するためにジョン・ドゲット捜査官（ロバート・パトリック）を派遣したが、2人の最初の面会は物別れに終わった。捜査局は、モルダーの仕事のパスワードとクレジットカードの使用記録が失踪後数日間に記録されていることを発見し、モルダーの生没年が刻まれた墓石も発見した。ドゲットさんは、モルダーさんが情報を盗んで独自に捜査するために失踪を偽装したのではないかと考えている。事件はさらに複雑化し、混乱を極める…。