14年前、神格化された初号機の覚醒は3度近い衝撃をもたらし、世界に未曾有の変化をもたらした。その後、葛城ミサト（声：三石琴乃）ら旧NERVメンバーが脱退し、ゼーレとNERVに抵抗するためにWilleを結成。ヴィレはアスカ（CV：宮村優子）とマリ（CV：坂本真綾）に衛星軌道上に封印された零号機と碇シンジ（CV：緒方恵美）の奪還を命じるが、シンジは零号機への搭乗を絶対に禁止される。周囲の敵意を感じながらも何も知らないシンジは、綾波レイ（声：林原えみ）を追って突如侵入した第9部隊へ向かい、荒廃したNERV本部へと帰還した。ここで日夜思いを寄せていた綾波と思いがけず再会し、父親から美少年・渚カオル（CV：石田彰）とともに13号機の副操縦士になることを聞かされる。 14年間の空白、この間の大きな変化、感情のもつれにシンジは戸惑う。そして、一見優しそうなカオルが驚くべき真実を次々と明かす…。 本作はエヴァ新劇場版四部作の第三弾となる。