2017年、母星を破壊された亡命異星人が地球に侵入した。人類は核兵器で敵を打ち破ったが、祖国を失うという大きな代償も支払った。次のほぼ半世紀の間に、人類はタイタンに移住しましたが、ごく少数の人類は依然として祖国に残り、残りのエイリアンの捕食者を一掃しました。残された者の中にはジャック・ハーパー（トム・クルーズ）とヴィクトリア（アンドレア・ライズボロー）もおり、彼らの主な任務は国中の取水塔を守ることである。終わりのないように見えた任務もついに終わりを迎え、その瞬間、未確認航空機が無人地に墜落した。ジャックは現地で数人の負傷者を発見したが、彼らはドローンによって虐殺された。危機的状況に陥ったジャックは、ジュリア（オルガ・キュリレンコ）という女性を救った。この事件をきっかけに、ジャックは意図せずしてプレデターと自分の裏に隠された秘密について知ることになる…。