この映画は、アメリカのベストセラー作家ダン・ブラウンの同名小説を原作としています。欧州核センターの科学者ヴィクトリア・ウィトラー（演：アイェレット・ズラー）と父親は、高速粒子衝突型実験中に反物質を収集したが、父親は殺害され、遺体の胸には「イルミナティ」のマークが焼印されていたことが判明した。が盗まれ、新しい教皇が選出されるローマのバチカンに現れ、カトリック教会とローマ全体の安全を脅かした。同時に、主要な教皇候補者の4人の枢機卿が謎の失踪を遂げた。教皇侍従（ユアン・マクレガー）の指示のもと、ハーバード大学の記号論専門家ロバート・ラングドン教授とヴィクトリアは、ローマ警察の捜索活動を支援するためにバチカンに招待された。ラングドンはローマの主任刑事（ピエルフランチェスコ・ファヴィーノ）を説得し、「地、空、火、水」の指示に従い、ローマの有名な教会で「イルミナティ」との戦争を開始するよう説得した……。