常に自分のルーツを見つけたいと思っていたスーパーマン（ブランドン・ロード）は、他の仲間を見つけることを望んでクリプトン星に戻ったが、そこにあるものはすべてもう存在していない。そして辞めてから5年が経ちました。 5年後、スーパーマンは地球に戻ってきたが、彼の周囲のすべては変わっていた。彼は、地球がスーパーマンの保護を受けられないことに慣れていることに気づきました。ルイーズ（演：ケイト・ボスワース）は、「なぜ世界はスーパーマンを必要としないのか」に関するレポートを書いてピューリッツァー賞を受賞しました。さらに彼を悲しませるのは、彼女が編集長の甥と婚約しており、5歳の子供の母親であるということだ。一方、宿敵レックス（ケビン・スペイシー）は再起を図るため、卑劣な手段で巨額の遺産を騙し取っていた。南極でレックスはスーパーマンの父親に関する手がかりと超エネルギーを秘めたクリスタルを見つけ、クリスタルの力で地球を支配しようとした。スーパーマンは内なる悪魔を倒し、地球を再び火と水から救うことができるでしょうか?