「シャアの反乱」とも呼ばれる第二次ネオ・ジオン戦争終結後、地球圏はつかの間の平和を築いた。それから3年後、宇宙世紀0096年。工業コロニー「インダストリアル7」では秘密交渉が行われていた。その内容は――地球連邦政府が秘密裏に掌握しているとされる「ビスト社」が、新ジオン残党軍の「スリーブス」に最高機密「ラプラスの箱」を引き渡すというもの。一方、アナハイム工業大学に通う少年バナージ・リンクスは、感染拡大を防ぐためにオードリー・ベンと名乗る少女（実は旧ジオン公国の次男ドズル・ザビの娘）と出会う。新たな戦争が始まると、オードリーは「ラプラスの箱」の取引を整理しなければなりません。何度かオードリーを助けているうちに、バナージは徐々にオードリーに惹かれていく。その後、地球連邦が取引に気づき軍事介入し、産業コロニーはたちまち火の海と化した。避難しながらオードリーを探すバナージ達の前に現れたのは、ビスター連合会のトップであるカディウス・ビストだった。瀕死のカデアスはバナージに出生の秘密を語り、箱の鍵「機動戦士ガンダムUC」を託した。その後、「ラプラスの箱」を巡る戦争が始まった……。