クリスマスまであと8日ということで、涼宮ハルヒの呼びかけでSOS団は予想通りクリスマスカーニバルパーティーを企画した。しかし、12月18日の朝、徐さんは自分の周囲の世界が少し変わっていることに気づきました。 1年9組は姿を消し、朝比奈先輩も彼を通行人扱いし、涼宮ハルヒの代わりにキョンの後ろに座る一方、ハルヒは誰も知らないかのように姿を消した。 SOSグループの教室に駆けつけた彼が目にしたのは、いつも冷静で氷のように冷たかった長門が、部屋の隅でひとり座って本を読んでいた、内気で内気な少女になっていた。キョンは前日に長門が残した手がかりから、世界が何者かによって再編されたようだと判断した。この時、全く異なる二つの世界を繋ぐ鍵を握るキョンは、大きな選択を迫られる…。