16年前、射手座の黄金聖闘士アイオロスは、本物の女神アテナの生まれ変わりを抱えて聖域から脱出する途中、双子座のサカと山羊座のセウラに阻まれ重傷を負った。死を目前にしたアイオロスは運命の流れで、偶然ヒマラヤ探検をしていた日本木戸財団理事長・木戸光政（声：大杉漣）に女神を託した。因果を知った光正は女神を日本に持ち帰り、沙織と名付け、孫娘の名で育てた。運命と女神の呼びかけに応え、星矢（CV：石川界人）、紫龍（CV：赤羽根健治）、氷河（CV：小野賢章）、シュン（CV：岡本信彦）ら青年たちが帰ってきた。日本は次々と一人立ちできる聖戦士へと成長していく。時を同じくして、教皇の命を受けた暗殺者たちが聖地から次々と来日し、歴史に残る善と悪の戦いが始まった…。