1999年、巨大隕石が地球に落下し、海全体を奪い去った。時を同じくして、地球外生命体WORMも世界中で繁殖し始めた。瞬く間に広範囲を支配したWORMに対抗するため、人類は対WORM組織ZECTを設立した。 ZECTは仮面超人システムを開発し、WORMとの激闘を開始した。 この戦争から7年が経った。 2006年、荒れ果てた地球で、組織のしがらみに不満を抱いたZECTの一部メンバーが独立団体NEOZECTを結成し、ZECTも裏切り者の粛清を開始した。この時、天島総大将・仮面ライダーカブトの登場により、戦況は大きく変わった。巨大な氷彗星が地球に接近していることを知ったZECT本部は、大気圏の宇宙ステーションに巨大なCLOCKUPマシンを設置し、彗星を地球に引き寄せるための転送スペースを作る「空へのはしご計画」を提案した。 、巨大な水源を作り出します。この計画により、ZECTの力はますます大きくなり、地球を支配するほどになる。 ZECTは地球と宇宙を結ぶ軌道エレベーターを利用して「天空へのはしご計画」を立ち上げ、その情報を天島から知ったNEOZECTも計画を掌握し、勢力を拡大し続けるZECTを抑え込むことを決意する。組織のために戦うZECT戦士・ヤマト鉄海と夜叉加茂、自由のために戦うNEOZECT戦士・織田秀成と風間大介、そして目的が全く不明なカブ・ソウジと謎の正体・黄金仮面ライダー。それぞれの想いが交錯する中、仮面ライダーの戦いは広大な宇宙へと広がっていく…。