どんな標的も6秒以内に解決する伝説の天才殺し屋「ファブル」（演：岡田准一）は、裏社会を恐怖させる冷酷なキャラクター。佐藤博さん演じる「上司」の命令により、木村文乃さん演じる相棒とともに「佐藤亜紀」という偽名で兄妹を装って普通の生活を送っていた。大阪に住んでいた年に誰か...ある日、彼は偶然、車椅子に乗った謎の少女（平手友梨奈）と、子どもたちの将来を気遣う非営利団体の創設者・宇津帆（堤真一）に出会う。あらゆる種類の異常な出来事がファブルに4年前の暗殺任務を思い出させます。これから起こる多くの危機に直面して、ファブルは、人を殺してはいけないという命令を守り続け、自分自身と彼の周りの親戚や友人を守ることができるでしょうか？