神谷薫（武井咲）を救うため海に飛び込み、昏睡状態の小さな島に流れ着いた平村剣心（福山）は、ついに師匠の比古清十郎（福山）に敬意を表した。飛剣流を教えてもらった（正晴に救出された）。志々雄真実（藤原竜也）との大きな差を痛感した剣心は、日本を救うため、飛天剣流最高奥義を師匠に教えてほしいと懇願する。同時に、石志雄は東京に剣を向け、武力で国を掌握するという次の一歩を踏み出した。伊藤博文（小沢征津）に死刑執行人抜刀斎の全国逮捕状発行を強要し、その知らせを知った薫と左之助（青木隆）は東京へ急ぐ。再び旅立った剣心は、真っ先に皇家の棟梁・四乃森蒼志（伊勢谷友介）に阻まれ、困難を乗り越え、宿命の相手・志々雄との最終決戦に臨む。 .. この映画は、和月伸宏による同名の古典漫画を原作としています。