第2話では、ネオ（キアヌ・リーブス）は「マトリックス」を内部から破壊することに失敗し、現実世界の宇宙船で昏睡状態に陥ったが、彼の心は「マトリックス」と現実世界の間に閉じ込められた。中層、この場所は「電車の人」によって管理されています。ネオの状況を知ったモーフィアス（ローレンス・フィッシュバーン）やトリニティ（キャリー＝アン・モス）らは、守護天使の導きのもと、「マン」の管制官である「列車」を発見し、激しい戦闘の末にネオを救出した。 。この時、電子イカ部隊がジオンに猛攻撃を仕掛け、人類組織のメカ戦士全員が粘り強い抵抗を開始し、危機的状況となったネオとトリニティは宇宙船を駆り、幾多の困難を乗り越えてマシンに辿り着いた。ついに機械世界の支配者である「機械皇帝」と面会した両者は交渉し、ザイオンの平和と引き換えに「マトリックス」に支配されていないスミスを排除するという合意に達した。 『マトリックス』ではネオとスミスが人類の生死に関わる最後の決闘を開始した。