シーズン 3 は、第 2 独立連隊がチャールストンに到着してから 7 か月後に始まります。この時期、チャールストンは「新アメリカ合衆国」の首都に指定され、トム・メイソンが政治指導者（大統領に相当）に選出された。しかし、彼の時間のほとんどは、政府の事務に対処したり、異星人の侵略者による攻撃に粘り強く抵抗するために軍隊を率いたりするためにオフィスで費やされているわけではありません。前任者のマンチェスター博士と比較して、トムは宇宙人に対する態度がより攻撃的で積極的です。チャールストン政府は反乱軍「レイダー」と信頼性の低い同盟を結び、反乱軍「レイダー」が人間と共闘することを許可したが、これが人間の間に不満を引き起こし、両種族間の緊張が続いた。 「レイダース」反乱軍は、第 2 シーズンの終わりに壮絶な死を遂げたリーダー「レッドアイズ」を追悼するために、戦う前に必ず顔を赤と黄色の縞模様でペイントします。トムの息子ベンは現在、チャールストン政府とレイダースの連絡役を務めている。人間も「レイダー」も、力を合わせても、かつて独立第二連隊から「魚の頭」と呼ばれた強大な敵、異種族エスフェニを倒すのは難しいことを理解している。彼らの王は亡くなりましたが、別のより強力で邪悪な王が王位を継承しました。さらに悪いことに、両陣営の戦いが本格化している最中に、真新しいエイリアン種族が地球に到着し、すぐに戦場に加わります。