シャオジー、ピカチュウ、その他の仲間たちが旅を続けています。ある日、空からポケモンのボルケニオンが落ちてきて、サトシと一緒に閉じ込められてしまう。人間に危害を加えられたポケモンたちと暮らすヴォルケニオンは人間を大嫌いですが、この魔法の鎖が彼らを引き離さず、素晴らしい物語が始まります。シャオジーとピカチュウは一緒に新たな冒険を始める…。 一方、超機械都市アゾート王国では、ジャービス大臣が長年追い続けてきた究極の発明、アゾート王国で生まれた人造ポケモンを手に入れた 500数年前のドリームマギャナ。マギアナの体内には「ソウルハート」と呼ばれる未知の力があると言われ、強欲で邪悪なジャーヴィスはその力を利用して王国を支配しようとしている。 XiaozhiとBolkenionは意見の相違をどのように解決するのでしょうか?ボルケニオンとマギアナの関係は何ですか？彼らはどのように協力してジャービスと戦い、アゾート王国を救うことができるでしょうか?マギアナの最後はどうなるのか？ポケモン史上最大の戦いが今始まる！