『闇の書事件』（魔法少女なのはA'sを指す）から10年後。 19歳の高町なのは、フィット・T・ハーロウェン、八神はやては、友情を抱き、それぞれの夢を追うために時空管理局に入局し活動する。その中に新たに発見された古代遺産「ホーリークリスタル」が出現し、これを目的として謎の機械兵器「レゾナンス・デベロッパー」が出現した。後に『神遺産クリスタル事件』と呼ばれる事件に迅速に対応するため、八神はやては迅速に対応できる独立した部隊の設置の必要性を考え、古代遺産に関する業務を担当する特別部隊を設立した――。 「機動六課」。一方、時間は4年前に戻ります。空港火災に巻き込まれ瀕死の状態になった中島スバルは、なのはの登場によって救われる。 “理想像”のようななのはに憧れていたため、スバルはその夜の星空の下で「権能の魔術師になる」ことを決意した。それから四年、紆余曲折を経てスバルは無事に魔導士庁の新魔導師に就任し、養成学校時代の友人ティアナ・ラングスターとともに魔導士昇任試験に挑む。二人の試験を遠くから見つめていたハヤテ、フィット、なのはは、二人が未来の『機動科６科』のスターになると信じて注目していた。 3人の視線の中、実験開始を告げるレインフォースIIの声とともに『ストライカーS』の物語が始まった。