幼少期にキャンディハウスの魔女を殺した孤児の兄弟ヘンゼル（ジェレミー・レナー）とグレーテル（ジェマ・アータートン）は、長年にわたって邪悪な魔女の最大の宿敵となっている。アウグストブルクの小さな町で行方不明の子供たちや隠れた魔女の捜索を手伝っている間、兄と妹は 3 日後に「ブラッド ムーン」（月食）が起きようとしていることを発見しました。これは魔女にとって非常に重要で神聖な瞬間でした。二人の兄妹はすぐに行動を開始し、二人を嫌っていた警察署長も魔女の行方を追う人々を募集した。やがて、魔女のリーダー（ファムケ・ヤンセン）が部下を率いて町を攻撃し、二人の兄妹と正面衝突を始めた。激戦の末、グレーテルは重傷を負い、ヘンゼルも魔女とともに姿を消してしまう。善と悪の戦いは徐々に激化し、その過程で兄妹は徐々に自分たちの幼少期や両親の秘密を知っていく…。