明治時代に入り、元“処刑人抜刀斎”こと緋村剣心（佐藤健）は神谷道場の平穏な生活に慣れていた。思いがけず、この日は、維新の三英傑の一人として知られる、終戦以来の旧友・大久保利通（宮沢和史）から招待された。その年、幸運にも生き残った志々雄が新政府に裏切られ、剣心の死刑執行人としての身分を引き継いだ志々雄真実（藤原竜也）が、密かに日本を支配する恐るべき計画を企てていることが判明する。大久保の死後、逃れられない責任を感じた剣心は、その途中で土屋太鳳演じる京のくノ一・真木待宗と出会い、さらに三日月村で志々雄とも初対面を果たす。 。同時に、相良左之助（青木崇志）、神谷薫（武井咲）、明神弥彦（大八木快斗）、斉藤和（江口洋介）も続々と京へ駆けつけた。どんよりとした雲の時代に、国中に嵐が吹き荒れようとしている… この映画は、和月伸宏原作の古典コミックを映画化したものです。