彼らには夢があります。いつか、大空へ羽ばたく夢。ガラスに覆われた空がどれだけ遠いかを知る。遠い未来。人類は荒れ果てた大地に移動要塞都市「プランテーション」を築き、文明を讃えていた。そこに建てられた運転手用宿泊施設「ミステティーヌ」、通称「鳥籠」。子供たちはそこに住んでいます。外の世界について何も知りません。自由な空については何も知りません。彼らに告げられた唯一の使命は戦うことだった。敵は謎に包まれた巨大生命体「ドラゴン」。見えない敵と戦うため、子供たちは「FRANXX」と呼ばれるロボットに乗り込む。これに乗ることが自分たちの存在の証であると彼らは強く信じている。かつて神童と呼ばれた少年がいた。コード番号016。名前はグアンです。しかし今、彼はどん底に陥っている。要らない存在です。 FRANXXに乗らなければ、FRANXXは存在しないのと同じです。そんな広大なエリアの前に、ある日、02と名乗る謎の少女が現れた。彼女の額には立派な二本の角が生えています。 「――見つけたよ、ダーリン」