物語の舞台は、すべての哺乳類が調和して共存する美しい世界で、ウサギのジュディ（声：ジニファー・グッドウィン）は、幼い頃から悪を懲らしめ、善を促進する探偵になることを夢見ており、知恵と努力で無事に探偵を卒業しました。警察学校に入学し、ズートピア警察署に入ったジュディは、ここが大型肉食動物の領域であることを知る由もなかった。ここ数日、市内で動物の行方不明事件が相次いでおり、警察官全員が事件の真相の究明に全力を注ぐ中、ジュディは署長（声：イドリス・エルバ）から重要ではない交通警察官に任命された。ある日、勤務中のウサギはニックという名前のキツネ（ジェイソン・ベイトマンの声）と出会い、偶然、行方不明のカワウソさんを探す仕事を引き受けました。 2日以内に発見された場合、ジュディは自発的に警察署を去らなければなりません。ジュディはニックを見つけ、二人は力を合わせてズートピアに隠された衝撃的な秘密を明らかにする。