5年前、普通のエメット（クリス・プラットの声）がレゴの世界を救ったが、デバオ惑星からの部外者たちが苦労して勝ち取った平和を破壊した。その後、レゴの世界は荒れ果て、エイリアンの訪問者がいつでも無傷の建物をすべて破壊していました。この日、姉妹銀河のメイハン将軍が宇宙船を運転してレゴの世界へやって来た。彼女はルーシーやバットマンらの攻撃を難なく破り、ルーシーを含む5人を姉妹銀河へ連れて行った。異星でルーシーたちは携帯用の女王を目撃した。この頃、女王は新設のスペース・テンプルで盛大な結婚式を挙げる予定で、その結婚式の相手はバットマンだった。一方、ルーシーを探すために単身宇宙へ飛んだエメットは、途中で恐竜を育てる謎の男・レイスと出会い、共に姉妹銀河へ向かうことになる。終末の到来を阻止するため、エメットは全力を尽くした…。