1999年の東京では、建設現場から人々の生活に至るまで、レイバーと呼ばれる大型ロボットがいたるところで見られた。労働関連犯罪の増加に直面し、警察署は特殊事件に対処するため、特殊ロボット「パトレイバー」を搭載した第二種特殊車両を設置した。労働力はバージョンアップの時期を迎え、ロボットの頭脳となるコンピュータのOSはHOSにバージョンアップされた。このとき、ロボットが制御を失うという複数の事件が突然発生し、機動警察チームがこの問題の捜査を担当しました。その結果、原因はHOS関連のコンピュータウイルスであり、犯人はデータを全て破壊し、行方不明であることが判明した。東京湾では、東京の土地問題を解決するために巨大な海の箱舟を建設するバビロン計画が危機に瀕しており、国内の労働ロボットの 45% がそこに集結している。これらのロボットが制御不能になったら、悲惨な結果が待っている。