2018年、スカイネットシステムと人類の間の戦争により、世界は終末的な状況に陥った。レジスタンスの精神的リーダー、ジョン・コナー（クリスチャン・ベール）はチームを率いて任務を遂行し、スカイネットの考えを打ち破る新たな情報を入手した。そしてスカイネットシステムはすぐに新しいターゲットランキングを発表し、コナーは2位にランクされ、ファッショナブルで若いコナーの父親カイル・リースがリストのトップになった。同じ頃、ロサンゼルスの廃墟に過去の経験を忘れた屈強な男マーカス（サム・ワーシントン）が偶然現れ、レジスタンス戦士のリースと出会い、協力して抵抗軍本部へ向かう。 、途中で不意にロボットに襲われ、リースは捕らえられてしまいました。一人になったマーカスは、レジスタンスの女戦士ブレアを先導し、コナーとの運命の出会いを迎えるが、人間と機械の対立は、コナーに互いを敵視せざるを得なくなってしまう…。スカイネットの中心は不確実であり、同時に抵抗軍の上層部は強制攻撃計画の延期を拒否したため、コナーにはもはや命を賭けた潜入作戦を選択するしかなかった。そして名誉。