100年前、ポケモン同士の戦いにより甚大な被害を受けた砂漠の都市ディーゼルシティ。その戦いの原因は、あるポケモンの存在だった。しかし、このポケモンは何者かによって封印され、街はかつての平和を取り戻した。シャオジーとピカチュウは旅の途中、万物を呼び寄せる光の輪を持つ怪人・フーパと少女・マイアリに出会った。誰がそれを世話するのか。いたずらが大好きなフーパは、魔法のリングでみんなを驚かせたり、大好きなドーナツなどを取り出したりして楽しんでいます。無邪気なフパはシャオジーとピカチュウをシャオジーとピカチュウと呼びます。すっかり友達になったフーパはシャオジー一行とともに旅に出る。ディーゼルシティに到着するとすぐに、皆はマイ・ヤリの弟バルザに会いましたが、バルザの様子がおかしいようでした。よく見ると、彼はかつて街を滅ぼしたポケモンを封印した獄瓶を持っていた！邪悪なオーラが瓶から溢れ出し、巨大な影と化した。その影が徐々に露わにする真の姿は、フーパ本来の分離姿勢、スーパーフーパ！ 100年前のポケモン騒動の犯人がスーパーフーパだったとは誰も想像していなかっただろう。瓶に封印されているのはフーパ本来の力であり、長い年月を経てその強大な力は徐々に怒りとなり、最後には黒い影となって凝縮して蘇った！解放されたスーパーフーパは暴走を始め、原始グラトン、原始カイオーガ、ディオルガ、パルキア、キラティナ、ミューの6つのリングから伝説のポケモンを召喚した！このままでは街が危険になってしまう フーパは街を守るため、リングを使って新たな伝説のポケモンを呼び寄せる！まさに【レジェンドvsレジェンド】！この戦いで大地は割れ、海は割れ、空間は歪んだ！シャオジーたちはフーパが招いた伝説のポケモンたちと共闘し、このディーゼルシティを守ることができるのか？ ?そしてフーパとスーパーフーパの戦いの結末はいかに！ ?ポケモン映画史上、最も壮大な対決がここに始まる！