1899年、新世紀と新世紀の変わり目、ヨーロッパ諸国は稀にみる平和な時代を迎えていたが、新たに出現した悪の勢力がその指導者「ゴースト」の計画の下、前代未聞の先進兵器に依存していた。各国間に誤解と摩擦が生じ、世界大戦の火が灯る時。イギリス政府は、この危機を解決するためにアフリカに住む伝説的な冒険家アラン・コッターマン（ショーン・コネリー演じる）を招待するが、アランは冒険には飽きていたが、アフリカ大陸が戦争に陥るのを見るのは耐えられず、そこで出会う。女性ヴァンパイアのミナとジキル・ハイド博士、透明人間のスキーナ、ハンサムな不死身の青年グレイ、ネモ船長、そしてアメリカ人エージェントのトム・ソーヤーは紳士同盟を結成し、幽霊の陰謀を阻止するためにネモ船長の潜水艦パロットをヴェネツィアに連れて行った。ヴェネツィアでの戦いの後、同盟はこの作戦が実は幽霊によって仕組まれたチェスゲームであることを発見し、すべては彼のより大きな野望を実現するために同盟メンバーのスーパーパワーを手に入れるためだけに行われた。ゴーストに立ち向かうため、組織はノースランドを覆い、最終決戦を開始した…。