謎の事件を調査するため、クズエ・コウタ（佐野岳）は奇妙で危険なハイム冥界の森に潜入して調査する。その途中、バダン帝国の変人たちに襲われる青年を目撃する。鎧に変身しようとしたその時、突然侍のような男が現れ、「変身」と叫び、仮面ライダー１号の姿が現れた。彼こそが伝説の男、本郷猛（演：本郷猛）だった。藤岡）！仮面ライダー1号は周囲の変人たちを電光石火で排除し、昭和と平成の二世代にわたる正義の戦士が出会ったが、宝泰は父親と同じくらいの年齢の伝説の仮面ライダーに困惑していた。この時期、仮面ライダーディケイドの仮面弥次（演：井上正大）は世界中の平成仮面ライダー15人に積極的にコンタクトを取りており、コウタイともコンタクトを取っていた。相次ぐテロ事件は明らかにバダン帝国の手によるものであり、その目的は全人類の滅亡である。戦争準備を進めていた平成ナイツは、本郷猛雄率いる昭和ナイツチームと遭遇する。しかし、本郷孟はバターン帝国拡大の根本原因はすべて平成仮面ライダーに関係していると考えていた。二世代、二世代の戦士は、お互いに自分の意見を主張し、譲ることを拒否し、やがて対立は激化し、仮面ライダー同士の全面戦争が勃発した。一方、バターン帝国の邪悪な計画も止まらず進行中。竜闘戦隊ラピッズと獣電戦隊ストロングドラゴンズという正義の2チームも加わり、正義の戦士たちの決闘はさらに複雑かつ混迷を極めていく…。