この映画は、同名のゲーム XIII にインスピレーションを得たベルギーのコミックを原作としています。 「退役軍人の日」に演説した米国史上初の女性大統領が暗殺されてから３カ月後、スティーブン・ドーフ演じる傷だらけのぼろぼろの男が森に現れた。彼には名前も記憶も過去もなく、認識を超えており、この世界に存在したことがないようです。唯一の手がかりは彼の体に刻まれた「XIII」のタトゥー。謎の組織の助けで脱獄したXIIIは、懐かしい恋人と出会い、謎の組織から取引を迫られると同時に、別の集団に追われる身となる。そして、彼らの目的はXIIIウォッチに隠されたメモリチップです。すべてが混乱しています。 XIII は、彼が本物の XIII ではないことを発見しました。彼は、国家安全保障局の副長官であった将軍によって任命された秘密捜査官でした。その時、裏の黒幕をおびき寄せる目的で、何かの出現が…。