アマゾンのジャングルの後背地で、探検隊の科学者トゥリオ（声：ロドリゴ・サントロ）とリンダ（声：レスリー・マン）は、ほぼ絶滅した野生の青いオオコンゴウインコを発見しました。この光景を見たパール（声：アン・ハサウェイ）は夫のブルー（声：ジェシー・アイゼンバーグ）を説得し、文明社会での生活に慣れたいたずらでかわいいオウムを3羽連れて行きました。小さな赤ちゃんたちは、自分たちの仲間を探すために、何千年も育った故郷に帰ります。オウムの家族はすぐに出発し、仲良しの友達と一緒にスリルと楽しみに満ちた空の旅に乗り出します。同時に、不法伐採グループはこのニュースを見て、トゥッリオ夫妻の犯罪を妨害しないように静かに行動を起こした。一方、ブルーに積年の恨みを抱いていたヒマワリボタンインコのナイジェルがブルーの痕跡を発見し、怒って行動を起こす。ブルー一家の最高に特別な休暇は、思わぬ方向へ進んでいく…。