あっという間に1979年。2代目ゴッドファーザーのマイク・コルレオーネ（アル・パチーノ演じる）は晩年を迎え、マイクは自分の魂を救うため、ゆっくりと家族の裏社会のビジネスに終止符を打ち、正規のビジネスに切り替えていく。 。マイケルの息子トニーは芸術が大好きで、家業を継ぐつもりはなかったが、長兄スンニ派の隠し子である情熱的で好色なヴィンセント(アンディ・ガルシア演じる)に家業を継がせ、3代目ゴッドファーザーになることを決意する。マイクの娘メアリー（ソフィア・コッポラ）はヴィンセントに恋をするが、父親に反対され、父と娘は次第に疎遠になってしまう。家族の資産を合法化するために、マイクはバチカンのネットワークを通じて「スタンディング」グループに投資する準備をしていましたが、教皇の死もまた、事態をより複雑で混乱させました。絶望のあまり、マイクは問題を再び解決するには暴力を使うしかなかったが、彼の親族もこの血なまぐさい嵐に巻き込まれた。