1889年、世界は産業革命の活発な発展の時代にあり、国家間の交流が緊密になり、その距離は一気に縮まりました。しかし、依然として貪欲が主流であり、ヨーロッパ列強はアジアやアフリカを略奪しており、常に戦争の影が世界を覆っています。フランス・パリで開催された万博会場で、発明好きな14歳の少年ジャン（日高ノラ）は、サーカス団の少女ナディア（高森春音）と出会う。黒髪、褐色の肌、そして周囲ににじみ出るミステリアスな気質が彼の好奇心をさらに高め、やがてナディアとの争いに巻き込まれるようになる。宝石が大好きなグランディスとその二人の部下、トムとハンセンはナディアの胸に着けられたサファイアを追っていましたが、この宝石には驚くべき秘密が隠されているとはこの時は知りませんでした。その後の数日間、ジャンとナディアはこの宝石を巡る一連の大冒険に乗り出しました... この映画は SF 小説「海底二万マイル」と「神秘の島」を原作としています。