マリアナ海溝で海軍の潜水艦が謎の沈没を遂げた。ジャスティス・リーグはサイボーグ・ビクター（声：シェマー・ムーア）を調査に派遣したが、予期せぬことにビクターは事故現場で謎の敵の集団に襲われた。その後、スーパーマン（声：ジェリー・オコーネル）、ダイアナ（声：ロザリオ・ドーソン）、フラッシュ（声：クリストファー・ゴーハム）、グリーン・ランタン（声：ネイサン・フィリオン）、バットマン（声：ジェイソン・オマラ）、キャプテンマーベルをはじめとするジャスティス・リーグのパートナーが続々と集結する本部、合同調査の結果、裏で黒幕となった真犯人が実は古代アトランティスに関係していたことが判明する。野心家オーム王子率いる深海戦士団が人類に宣戦布告し、両種族間の全面戦争が始まろうとしていた。危機の最中、つい最近父親を亡くしたばかりの男、アーサー（声：マット・ランター）が事件の鍵となった。これを機に、アーサーとジャスティス・リーグ全体の運命が変わっていく…。