シーズン2では、トム・ライリー演じるレオナルドが、サパス家の危機と陰謀の反乱からフィレンツェの街を救おうとする一方、ロレンツォに重傷を負わせた。レオナルド・ダ・ヴィンチは、ローマ軍の侵攻からフィレンツェの街を守るために、肉体と精神の限界に挑戦します。同時に、メディチ家は信じられないほどの新たな脅威に直面することになり、レオナルド・ダ・ヴィンチは「葉の書」を見つけて母親の過去の歴史についての知られざる真実を明らかにするという使命を続けます。ダ ヴィンチはすぐに、自分を待っているのは危険な任務への挑戦、つまりシス教皇よりも強力な敵であることに気づきました。彼の探索は彼を遠く離れた土地に連れて行き、世界と自分の過去について彼が知っているすべてのことを再評価することを余儀なくさせます。