この映画は、ホリー・ブラックとトニー・ディテルリッツィによる同名のベストセラー小説を原作としています。シングルマザーのグレース（メアリー＝ルイーズ・パーカー）は、双子の息子ジャレッドとサイモン（フレディ・ハイモア）、長女マロリー（サラ・ボルジャー）を連れて先祖代々の家であるスペクトウィックに引っ越してから、一連の奇妙な出来事が起こった。ジャレッドの単独調査中に、建物の屋根裏部屋で大叔母の父アーサー・スピットウィック（デヴィッド・ストラザーン）のエルフ探検ガイドを発見した。本の外側に警告があったにもかかわらず、ジャレッドはガイドを読み、その本に記載されているエルフの一人、茶色のエルフ、シンバーテック（マーティン・ショートの声）に気づきました。シンバーテックは、悪霊モルグラス（ニック・ノルティ）がガイドを自分のものとして取り込み、他のエルフに害を及ぼさないように、スピットウィックの祖先の家の保護サークルの外に本を持ち出さないようにジャレッドに警告しました。しかし、モルグラスの部下はガイドが再発見されたという事実を知り、誤ってサイモンを捕らえてしまった。ガイドとその家族を守るため、三兄妹はモルグラスと死闘を繰り広げる…。