第二次世界大戦の終わりに、状況を逆転させるために、敗北したドイツ軍は邪悪な魔法使いを見つけ、彼を利用してヘルボーイを召喚して連合軍を倒そうとしました。幸いなことに、連合軍の特殊部隊が式典に間に合い、陰謀を打ち破ることに成功したが、このとき赤ん坊のヘルボーイが召喚されていたため、連合軍は彼を養子にする必要があった。ブルーム教授 (ジョン・ハート演じる) はヘル男爵 (ロン・パールマン演じる) の養父であり、男爵を優しさで指導し、男爵はその不死身な肉体と優れたスキルを使って米国政府に奉仕するために複数の特別任務を完了した。しかし、男爵の心の中には常に闇と邪悪な性質が隠されています。結局のところ、人間の優しさは地獄の悪を倒すことができますか？