第二次世界大戦前夜、亀梨和也演じる一般陸軍兵士が仲間を助けたとして上官を殴り、その後軍事法廷で死刑判決を受けた。危機一髪、突如現れた謎の男・ユウキ（伊勢谷友介）がスパイ養成を専門とする秘密部署「D機関」に吸収される。多くのテストの後、若者はついに最初の仕事を手に入れました。少し前にユダヤ人科学者が暗殺され、最新の兵器設計図を記録した彼の黒いノートが米国大使アーネスト・グラハム（リチャード・モス）の手に渡ったと言われている。青年は加藤次郎という偽名を使い、魔都と呼ばれる街にやって来て、紙幣を盗む機会を窺っていた。同時に、この知らせを聞いたイギリス、ソ連、ドイツなどの各国の諜報員も行動を起こし、最高峰のスパイ戦争が始まろうとしていた… この映画は同名小説シリーズを原作としたものである劉広思著。