メインクーンの暴走とそれによる再起動。苦悩するメイシンを残し、太一たちはデジタルワールドへ向かう。再会したパートナーデジモンたちはこれまでの記憶を全て失っていた。それでも、選ばれし子供たちは再び絆を築こうと手を差し伸べ、デジモン達もそれに応えた。しかし、成長段階に進化してもなお警戒心を示すのは比丘門だけ……「だから過去のことは知らないんだ！」 自分よりも他人を思いやる事を優先するソラの善意に対して、比丘門は逆に不信感を抱いてしまう。太一とヤマトは、怪我でずっと立ち尽くしていた空にかける言葉が見つからなかった。デジタルワールドでこれから何をすべきか? そんな話をする皆の前に、メインクーンモンが突然現れ、そして消えた。なぜか元の記憶を保ったまま、メーシンを探して涙を流しながらさまようその光景を見た子供たちは、メインクーンモンを救うためにデジタルワールドへ行くことを決意する。しかし、彼らの前に暗黒四天王を駆り立てた男の姿が現れた。その頃、現実世界の西島のもとに姫川失踪の連絡が入った。調べてみると、姫川のこれまでの行動には隠された目的があることが判明する。この件には、二人の運命を決定づけた過去の出来事も関係しているのだが……。