源内の姿とともに相棒の望月メイシンが謎の男によって負傷したのを見て、メインクーンモンは再び暴走し始める。 「この世に生まれさせてはいけない…」 現実世界から消えたメインクーンモンは歪みそのものだった。強すぎる力を持ち、世界滅亡の鍵となる西島大吾と、望月博士の元に現れたハックモンにより、徐々に真実が明らかになる。世界の調和を保つため、力を持ちすぎたメインクーンモンが危険視し、切り離そうとしている。暴れまわるメインクーンの出現により、現実世界は破滅へのカウントダウンを始める。影響を受けた場所は次々と変化を遂げた。歪みにより現れたデジモンたちは、その時が来るのを待っていた――選ばれし子供たちは異常なデジタルワールドに拒絶され、現実世界に戻ってきたが、パートナーのデジモンと一緒にいることで人々から非難を浴びる。誰もが孤立し無力だったが、それでも必死に対策を模索していた一方で、メイシンは一人で悩み続けた。過重な負担に打ちひしがれた彼女の心には、仲間やデジモンの声も届かない… その後、誰よりも真っ直ぐで細い魂を持った八神ひかるにも過酷な運命が迫る──。