広大な宇宙の奥、とある小惑星に駐屯する地球連邦軍のケイシー砦が、宿敵・昆虫の軍勢に襲われた。強襲揚陸艦ヤ・リサの勇敢な将軍たちは救出を命じられましたが、この陥落した基地では不可解な場面が起こりました。超大国の戦略将校カール・ジェンキンス博士は、カルメンが担当していた戦艦ジョン・A・ウォートンの指揮を奪い、行方不明となった。戦争の終わりに、ヤリサの兵士たちは生存者を救出しましたが、小さな星も爆発で消滅しました。行方不明の戦艦の行方を突き止めるために、ジョニー・リックはアレクサに急いで向きを変え、帰還途中のジョン・A・ウォートン号を追いかけるよう命令した。強力な戦士たちがひとつに融合し、新たな長い旅が始まった… 本作は『スターシップ・トゥルーパーズ』シリーズ15周年を記念した作品。