シュレック（声：マイク・マイヤーズ）とフィオナ姫（声：キャメロン・ディアス）は三つ子と幸せに暮らしていたが、平凡な生活に不満を感じる日々が続いていた。フィオナ王女との激しい口論の後、彼は魔法使いルンペルシュティルツキン（声：ウォルト・ドーン）と出会い、彼と「一日一日」の魔法協定を結んだ。しかしシュレックは、ルンペルシュティルツキンが奪ったものが自分の生まれた日であるとは予想していませんでした。その結果、遠く離れた王国全体が王となり、無数の魔女を送り込み、オーガを追い詰めて奴隷にしました。そして、シュレックが日の出前にフィオナ王女から真実の愛のキスを得ることができなければ、シュレックは完全に消えてしまいます。不安になったシュレックは親友のミュール（声：エディ・マーフィー）と再会し、剣士の長靴をはいた猫（声：アントニオ・バンデラス）はフィオナ王女のペットの太った猫になりました。彼らの助けを借りて、シュレックはフィオナ姫の心を掴もうと全力を尽くしましたが、残念ながら事態は予想よりもはるかにスムーズに進みませんでした...