殺せんせー（CV：二宮和也）暗殺の期限は刻一刻と近づき、E組に3年間潜んでいた秘密兵器がついに投入される。大きな憎しみを背負った茅野カエデ（山本舞香）は、長年隠していた触手を現し、殺せんせーに決死の攻撃を仕掛ける。この事件をきっかけに、殺せんせーは元E組の代用教師である雪村あぐり（桐谷美玲）との忘れられない関係を語った。暗殺作戦の是非を巡って、山田涼介演じる潮田渚と菅田将暉演じる赤羽業らが完全に二分される。彼らは地球を滅亡から救いたいと願う一方で、殺せんせーの命を救おうともします。同時に、長らく沈黙を続けてきた各国政府も最後の行動を準備し始めており、すべての混乱の元凶であるシロさん（成宮寛貴）も重要人物となる。殺せんせーの運命を決める。やがて教師と生徒に別れの時が訪れる… 本作は松井優征の超人気漫画を映画化したもの。