オーファンモン事件後、時が経つにつれ、お台場エリアは徐々に活気を取り戻していった。 「日本に帰ったら、大きな銭湯に行かなきゃ！」とメイメイの言葉で、新しい友達のメイシンとメインクーンモンを迎えるために、みんなで近くの温泉テーマパークへ向かいました。楽しい時間を過ごしましたが、ここにはA・チャンの姿はありませんでした。大学受験を目前に控え、大学受験と「選ばれし子供たち」の使命の間で悩む。 「なぜ、また対峙しなければならないのか？」 そんな時、お台場に再び感染デジモンが現れた。それは誇り高き魂を持つオガモンだ。オガモンの暴れっぷりをテレビで見て、メイメイとバルモンは攻撃を決意する。 「良いデジモンがいることを人々は知るべきだ！」 しかし、メイメイとバルモンがコウシロウを無視して参加した戦いは予想外の結果を引き起こした。ジャンとメイメイはそれぞれ悩みを抱えていた。月島総合高校文化祭当日、彼らの前に一人の男が現れた。今、冒険は再び進化する…